#include <mega8.h> Мы программируем атмегу8
unsigned int sek; // инициализируем переменную для хранения секунд
// далее попробуем обойтись без флага-защелки. Проверять, включен светодиод или нет, будем по самой ноге, на которой он висит.

void main(void)  // это называется основным циклом. Все крутится в нем, но в С тела написанных тобой функций располагаются вне него.
{      
PORTB=0x01; // Задействуем нулевую ногу на порте B на выход
DDRB=0x01; // этот регистр указывает, какие ноги на порте B работают как выход.
// здесь была ошибка, все ноги были выставлены как входы (DDRB=0x00; все равно что DDRB=0b00000000; а 0 - показатель входа).

if(sek>=3) // проверяем, стало ли значение переменной sec больше 3
{
        if(PIND.0!=1) // если светодиод выключен
        {
           PIND.0=1; // включаем светодиод
        }
        else // в противном случае (если включен)
        {
           PIND.0=0; // выключаем светодиод
        }
        sek=0; // а здесь сбрасываем количество насчитанных секунд
}
} // конец главной функции

#include <mega8.h> Мы программируем атмегу8
unsigned int sek; // инициализируем переменную для хранения секунд

// Timer 1 output compare A interrupt service routine
interrupt [TIM1_COMPA] void timer1_compa_isr(void)
// Timer 1 output compare A interrupt service routine
interrupt [TIM1_COMPA] void timer1_compa_isr(void)
{
     TCNT1H=0;
     TCNT1L=0;
     sec++; // когда срабатывает прерывание таймера, прибавляем значение переменной sec
}

void main(void)  // начало основного цикла
{      
PORTB=0x01; // Задействуем нулевую ногу на порте B на выход
DDRB=0x01; // этот регистр указывает, какие ноги на порте B работают как выход.
// Timer/Counter 1 initialization
// Clock source: System Clock
// Clock value: 7,813 kHz
// Mode: Normal top=FFFFh
// OC1A output: Discon.
// OC1B output: Discon.
// Noise Canceler: Off
// Input Capture on Falling Edge
// Timer 1 Overflow Interrupt: Off
// Input Capture Interrupt: Off
// Compare A Match Interrupt: On
// Compare B Match Interrupt: Off
TCCR1A=0x00;
TCCR1B=0x05;
TCNT1H=0x00;
TCNT1L=0x00;
ICR1H=0x00;
ICR1L=0x00;
OCR1AH=0x1E;
OCR1AL=0x85;
OCR1BH=0x00;
OCR1BL=0x00;

if(sek>=3) // проверяем, стало ли значение переменной sec больше 3
{
      PIND.0=~PIND.0; // оператором "=~" инвертируем состояние порта (если было 0, станет 1, и наоборот)
      sek=0; // а здесь сбрасываем количество насчитанных секунд
}
} // конец главной функции

if(sek>=3) // проверяем, стало ли значение переменной sec больше 3
{
          PIND.0=~PIND.0; // оператором "=~" инвертируем состояние порта (если было 0, станет 1, и наоборот)
          sek=0; // а здесь сбрасываем количество насчитанных секунд
}

if(sek>=3) // проверяем, стало ли значение переменной sec больше 3
{
       if(PIND.0!=1)
       {
       PIND.0=1;
       }
       else
       {
       PIND.0=0;
       }
       sek=0; // а здесь сбрасываем количество насчитанных секунд
}